高纯石英砂的净化主要是去除少量或微量杂质，获得高纯石英砂。常用的工艺有擦洗、重选、磁选、浮选、酸浸等。
擦洗:利用机械力和砂粒之间的剥离力去除石英砂表面的杂质铁、粘结和矿物泥。擦洗使石英砂矿物在前期能有效排出部分杂质，清洁石英砂颗粒表面，从而顺利进行后期净化工作。
重选:重选是根据不同的矿物重力筛选矿物。由于密度不同，矿物颗粒在介质中受流体力和机械力的影响，产生松散的分层，从而分离矿物颗粒。

磁选:磁选是分离石英砂中的磁性杂质矿物和颗粒。石英砂中的石英是一种反磁性物质，在磁场中不能被磁化，而含有Fe、Ti的杂质大多是顺磁性物质，可以被磁化，从而通过磁选去除含有Fe、Ti的杂质，获得较高的石英砂含量。磁选机通常采用湿式强磁选机和高梯度磁选机。
浮选:浮选是通过矿物颗粒表面不同的物理化学性质分离矿物颗粒的过程。其主要功能是从石英砂中去除相关的矿物云母和长石。发现矿浆的pH值、捕收剂种类和用量对浮选净化效果有显著影响。
酸浸：石英不溶于酸(氢氟酸除外)，通过酸溶解铁等有害元素，从而分离杂质，获得高纯石英砂。石英砂表面和缝隙中的杂质可以通过酸浸较大限度地去除，而磁选、浮选等物理方法只能去除矿物结构中的杂质。研究发现，用混合酸去除酸浸过程中的杂质效果更好，应时会被氢氟酸溶解，因此混合酸中氢氟酸的浓度不宜过高。时间、酸浓度、洗涤过程和温度都是影响酸浸效果的因素。

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